絕大多數的新生兒都是健康寶寶，出生後在嬰兒室觀察幾天後很快就能回到溫暖的家。然而，有些問題卻會造成少數新生兒延遲出院甚至住院治療，以下簡單介紹幾種常見原因。
1.新生兒黃疸
黃疸是新生兒時期最常見到的問題，也是新生兒延遲出院或再入院最常見的原因之一。雖然大多數的新生兒都會有黃疸的現象，而且大多為不嚴重，但是如何區分何者為生理性黃疸或病理性黃疸，則相當重要。
◎生理性黃疸
生理性黃疸大約在出生後4-6天達最高點後逐漸下降，通常不超過二個星期。但為什麼新生兒比較容易發生黃疸？其可能的原因有下列幾點：
1.新生兒的紅血球數目較高，同時紅血球數壽命較成人短。
2.新生兒肝臟的功能尚未成熟，因而代謝膽紅素的能力較差。
3.葡萄糖酸根轉運酵素的活性較差，所以製造鍵結型膽紅素的能力也比較不好。
4.膽小管對膽紅素排出的能力較差。
5.新生兒的腸內菌較少，加上腸道的蠕動較差及腸道的吸收能力也不好，會增加肝腸循環而造成膽紅素再吸收。通常單純的生理性黃疸通常只需觀察或照光治療很快就會改善。
◎病理性黃疸
不符合生理性黃疸的都算是病理性黃疸。其原因相當多，當一旦懷疑是病理性黃疸時，就必須積極的找尋病因並治療。一般在出生36小時內發生的病理性黃疸，常常是因為過度增加膽紅素而引起的，例如一些溶血性的疾病。此外，病理性黃疸需須特別留意是否可能為新生兒膽道閉鎖，因為若是能在出生兩個月內診斷出膽道閉鎖並接受開刀治療，疾病癒後會較好，日後需要換肝的機會也比較低。
由於臺灣的母乳哺育率增加，新生兒黃疸超過兩週(延遲性黃疸)的寶寶越來越多，所以對於這樣延遲性黃疸的寶寶就必須要和需儘早開刀治療的膽道閉鎖來做區分。因此，現在臺灣兒科醫學會建議對於每個新生兒一定要觀察嬰兒大便顏色並比對大便卡。滿月之後如果還有黃疸現象應檢測直接及總膽紅素並求其比值，以早期發現並早期治療新生兒膽道閉鎖。
◎新生兒暫時性呼吸過速
特徵:呼吸急促、胸部輕微凹陷、低血氧及偶爾發出呻吟聲。
此為新生兒常見的呼吸窘迫原因，又稱濕肺症。正常情況下新生兒在自然生產過程中因受到產道的擠壓會將肺部的羊水排出，再加上出生後的哭泣讓空氣進入肺部使其肺泡擴張讓羊水排出更完全，但少數情況會讓羊水排出不完全，通常發生在較大的早產兒及急產或剖腹產出的足月嬰兒。胸部Ｘ光顯示出肺葉隙中有液體滯留及偶爾有少量的肋膜積水，當出現發紺時，所需氧氣濃度通常不會太高，通常會在48至72小時後逐漸緩解。但也有部分病人情況較為嚴重，呼吸喘、發紺的情形明顯，此時則需插氣管內管合併使用呼吸器治療，以免發生併發症。如無特殊原因，預先排定的剖腹產最好選在妊娠38週以後才執行， 通常可以減少新生兒暫時性呼吸過速的發生機會。
◎呼吸窘迫症候群
特徵: 發紺、呼吸急促、鼻翼搧動、肋間或胸骨凹陷，及出現呻吟聲。
呼吸窘迫症候群多發生在早產兒，此疾病和肺部構造發育尚未成熟以及肺部表面張力素的缺乏有關，表面張力素可以降低肺部表面張力來避免肺膨脹不全。若肺部膨脹不全，會導致肺泡塌陷，而產生呼吸窘迫的現象。胎兒能夠製造足夠量的表面張力素大約在妊娠32-34週時開始，所以妊娠週數在32週以下的早產兒發生呼吸窘迫症候群的機率較高，隨著妊娠週數的增長，其發生率便越來越低。
在妊娠28-32週出生的嬰兒約有30-60%會併發此疾病。其他的危險因素包括母親曾生過出現呼吸窘迫症候群的早產兒、糖尿病母親所生的嬰兒、低體溫、窒息、男嬰、白種人、雙胞胎中的第二胎、及沒有產痛的剖腹產。
避免早產是預防呼吸窘迫症候群最好的方法，如果早產是無法避免的，則可以在產前給母親使用類固醇，以刺激胎兒肺臟製造表面張力素。出生後如有呼吸窘迫症候群症狀需插入氣管內管及使用呼吸器並經由氣管內管給予表面張力素，來改善呼吸窘迫症候群的嚴重度，一般來說如能及時給予適當治療，且無其他併發症病情，通常會很快緩解。其他的治療包括一般性的支持療法及呼吸照顧同時給予預防性抗生素。
◎胎便吸入症候群
特徵:呼吸急促、缺氧、高二氧化碳血症及小的氣道阻塞造成空氣滯留、肺部過度膨脹、及肺泡空氣外漏。
15%的足月產和過熟生產的嬰兒可以發現其羊水中有胎便染色，不過對於任何新生兒，如果在羊水中有胎便染色，都應視為有胎兒窘迫的訊號。在子宮內受窘迫而有喘息的胎兒有可能會吸入胎便，一般來說在羊水中有胎便染色的狀態下，約有5-10%的新生兒會發生胎便吸入症候群。
小呼吸道完全阻塞則造成肺膨脹不全，通常在24-48小時內，除呼吸道阻塞的效應外，還會出現化學性肺炎，胎便吸入性肺炎常有肺部高壓的現象，胸部Ｘ光片顯示出塊狀浸潤、過度膨脹等，且有極高的機會發生縱膈積氣和氣胸。
輕微胎便吸入症候群的治療包括一般的支持性療法和呼吸照顧，嚴重的病人需加上呼吸器的治療，若併發肺高壓的情形導致嚴重缺氧，則死亡率大幅增加。至於存活者往後的生長發育，取決於病程中缺氧的程度是否嚴重，是否有缺氧所引起的缺血性腦病變。在其肺功能方面，可能會有阻塞性呼吸道變化，而其呼吸道對過敏原及外界刺激的敏感度也會增加。
